马尔代夫船运有限公司是马最大船运公司，主要经营中东和远东地区的国际船运以及国内诸岛间的航运业务。马90%的进口产品都靠其运入。中小型船舶是马代岛际交通的主要运输工具。全国有两个主要港口，马累港和甘岛港。马累可停靠6,000吨级货轮。更大的货船只能停靠在马累和甘岛附近海面，货物须由驳船转运。

马累岛至机场岛的轮渡在9号码头，每人次10卢菲亚。凌晨到早上6点之间是每人次20卢菲亚。快艇每人次单程需20卢菲亚。马累岛至呼鲁马累岛的轮渡在Seahouse码头（9号码头旁），每人次5.5卢菲亚，到凌晨3点结束。快艇每人次单程需25卢菲亚。

岛屿间交通的船费要看距离远近和岛的用途，一般赴马累周围的居民岛费用比较便宜，赴旅游岛要贵得多，且须提前预订。