赤道几内亚现有马拉博和巴塔2个国际港口。马拉博港始建于1957年，有大小两个泊位，分别长205米和40米，水深12-13.5米。巴塔港始建于1973年，有2个泊位，分别长370米和300米，水深14-16米。

马拉博到巴塔的船运主要由“圣·瓦伦汀”号承担。该船是客货两用，每周两次往返。