赤道几内亚医疗条件落后。全国公立医院包括2所总医院、巴塔1所高级医院，4所省级医院、12所县级医院、42个医疗中心和300个卫生站。共有病床1019张。其中马拉博医院226张，巴塔医院280张。巴塔1所卫生学校。平均每10万居民拥有25名医生。

常见疾病有疟疾、艾滋病、肠道疾病等。疟疾发病后应立即就医，一般须服用或注射青蒿素等抗疟药品，以免加重病情。肠道疾病主要包括伤寒和肠炎，主要由饮水不净引起，发病后应立即就医。

医疗保险覆盖率较低。特别在农村，一般人有病无处医治或无钱治疗。企业按照法律要为其雇员缴纳医疗保险和社会保险金。

主要医疗机构有：

一、马拉博地区：中心医院，社会保险医院，瓜达卢佩(GUADALUPE)医院。

二、巴塔地区：中心医院。

三、中国援赤几医疗队（马拉博市和巴塔市各有一支分队）。

四、私立医院：拉帕斯（LA PAZ）医院、圣伊莎贝(SANTA ISABEL）诊所。

特别提示：赴赤几旅行请携带防蚊药品和抗疟药品。