尼日利亚医疗卫生条件较差，缺医少药的问题比较严重。2010年，尼日利亚全国医疗卫生总支出占GDP的5.1%，在全球排名139位，平均每千人拥有0.395名医生和0.53个医院床位；全国改善饮用水覆盖率达58%，卫生设施覆盖率达31%。

据世界卫生组织统计，2010年尼日利亚全国医疗卫生总支出占GDP的5.4%，按照购买力平价计算，人均医疗健康支出128美元。2005-2012年间，平均每万人拥有医生4人、护理和助产人员17人、牙医1人、药师1人。

2010年，尼日利亚平均寿命为53岁，产妇分娩死亡率为0.63%，婴儿出生死亡率为7.436%，五岁以下儿童死亡率14.3%，死亡率均居世界前列，26.7%的5岁以下儿童营养不良。

世界卫生组织最新公布的数字显示，尼日利亚医疗卫生体系综合指数位居其191个成员国中第187位。尼日利亚全国均是疟疾高发区和艾滋病重灾区。此外，几内亚线虫病、脑膜炎、河盲症和霍乱等流行性疾病在尼日利亚部分地区肆虐。因此，行前务必先打预防针。