南苏丹地处热带，热带传染病较多，其中疟疾、伤寒、痢疾、呼吸道感染是南苏丹的主要传染病。其他传染病还有麦地那龙线虫病、昏睡病、布鲁里溃疡、血吸虫病、埃博拉病、象皮病及麻风病等。南苏丹卫生条件极差，缺医少药，孕产妇及婴儿死亡率居世界前列。来南苏人员应自带治疗疟疾和驱除蚊虫的药物及一些个人常用药物。长期居住者最好自带蚊帐。入境后，如发现身体不适，应尽快到当地医院检查就诊、治疗，考虑到南苏疟疾、伤寒高发，如不能及时就诊，建议采取排除法，先服用自备的抗疟药。

南苏丹常年高温，各类病源微生物繁殖快，食品容易腐败变质，易引发食物中毒事件的发生。易导致食物中毒的食品以冷荤、凉菜、剩饭和肉制品为主，生熟交叉污染、不及时冷藏、食用前未烧熟煮透，也是引起伤寒等肠胃疾病的原因之一。蔬菜尽量煮熟后再食用。不宜在常温下保存剩菜，即使不过夜的饭菜，也要及时冷藏，以免给细菌的生长繁殖创造条件。贮存的熟食品在食用前必须彻底加热，食品中心温度要达到70℃以上。