南苏丹首都朱巴是南苏航空枢纽，提供国内、国际民航、货运和商业包机服务。目前朱巴已开通飞苏丹首都喀土穆、埃塞俄比亚首都亚的斯亚贝巴、肯尼亚首都内罗毕、阿联酋迪拜、乌干达首都坎帕拉、埃及首都开罗和卢旺达首都基加利的往返国际航班。国内各主要城镇设有简易机场，运营国内航线。

1、朱巴-内罗毕航线

肯尼亚航空，每天2班。Fly 540航空，每天2班。

2、朱巴-亚的斯亚贝巴航线

埃塞俄比亚航空，每天2班。

3、朱巴-喀土穆航线

苏丹航空，每周二、四、六各1班。Tarco航空每周二、三、四、六各1班。Nova航空，每周五1班。

4、朱巴-迪拜航线

迪拜航空，每周5班（除周二、六以外，每天1班）。

5、朱巴-坎帕拉航线

俄塞俄比亚航空，每周5班（除周二、四以外，每天1班）。

卢旺达航空，每天1班。

6、朱巴-开罗航线

埃及航空，每周一、三、四、六各1班。

7、朱巴-基加利航线

卢旺达航空，每天1班。