南苏丹各州间有长途客车，但车辆陈旧，道路多为土路，路况差，雨季期间不少道路无法通行。新修建的朱巴至尼穆莱（南苏丹、乌干达边境）公路是目前商品进出口的主要通道。

南苏丹有一条长248公里的铁路，从瓦乌通向苏丹。但因多年内战及南北苏丹关系紧张，该铁路已停运。