朱巴：南苏丹首都，中央政府所在地，同时也是中赤道州首府。人口约50万，平均海拔457米，距喀土穆1198公里，距乌干达边境约180公里，白尼罗河流经城市东侧。

瓦乌：南苏丹第二大城市，西加扎勒河首府，位于朱尔河岸，人口约14万。瓦乌是南苏丹西北地区农产品和畜产品集散地，重要交通枢纽。