秘有47个港口，主要海港有卡亚俄、钦博特、伊洛、派塔、萨拉维里和马塔拉尼。卡亚俄港与利马市相连，是秘鲁最大的海港，也是南美太平洋沿岸第二大港。秘鲁进出口货物总量中80%通过卡亚俄港转运，可同时停泊20多艘远洋轮船。